嚴控規模過快擴張《指導意見》提出，“十一五”期間，要控制深加工玉米用量增速，同時要增強玉米深加工業的可持續發展能力。到2010年，深加工單位產品原料利用率達到97%以上，玉米消耗量比目前下降8%以上;單位產值能耗降低20%，單位工業增加值用水量降低30%，玉米加工副產品及工業固體廢物綜合利用率達到95%以上，主要污染物排放總量減少15%。

　　嚴格行業準入標準在建設項目核準上，要調整現行玉米深加工項目管理方式，實行項目核準制，所有新建或擴建項目必須經國務院投資主管部門核準;將玉米深加工項目，列入限制類外商投資產業目錄，試點期間暫不允許外商投資生物液體燃料乙醇生產項目和兼并、收購、重組國內燃料乙醇生產企業;“十一五”時期，對已經備案但尚未開工的擬建項目停止建設;原則上不再核準新建玉米深加工項目。

　　在產業結構調整上，“十一五”期間，玉米深加工重點是提高淀粉糖、多元醇等國內供給不足產品的供給;穩定以玉米為原料的普通淀粉生產;控制發展味精等國內供需基本平衡和供大于求的產品;限制發展以玉米為原料的檸檬酸、賴氨酸等供大于求、出口導向型產品，以及以玉米為原料的食用酒精和工業酒精。

　　在區域布局上，“十一五”時期，重點是延長產業鏈，培育產業集群，提高現有企業的競爭力。對于嚴重缺乏玉米和水資源的地區、重點環境保護地區，不再核準玉米深加工項目。要鼓勵和支持國內玉米加工企業，通過聯合、兼并和重組等形式，發展若干家大型企業集團。